Uma morte súbita no Complexo Prisional da Agronômica, em Florianópolis, em 21 de maio, motivou manifestações de familiares de presos nas redes sociais. Não há informações sobre a causa da morte, e não houve testagem do detento para COVID-19. Os familiares denunciam a falta de informações e alegam racionamento de água, banhos frios em pleno inverno e falta de kits de higiene e alimentos que substituam satisfatoriamente as sacolas antes entregues pelas visitas, que estão suspensas.
Em boletim de 3 de junho, a Secretaria de Administração Penitenciária (SAP) informou seis detecções de COVID-19 em presos, mas não há indicação precisa dos locais onde eles estão. O painel do Departamento Penitenciário Nacional (Depen) indica apenas cinco confirmações. Também há dez casos confirmados entre servidores e funcionários. Não há informação sobre o número de testes aplicados até o momento.
Em 3 de junho, o jornal ND+ noticiou três casos confirmados de COVID-19 entre detentos no presídio de Biguaçu, na grande Florianópolis. O teste foi feito após um preso ser diagnosticado com broncopneumonia, mas não ter melhorado com o tratamento. Isso indica que casos sintomáticos não têm sido considerados suspeitos de contaminação pelo novo coronavírus para a realização do teste.
Foi negada, em primeiro e segundo graus, a liminar de habeas corpus coletivo da Defensoria Pública do Estado de Santa Catarina que pedia a antecipação da concessão do regime aberto a todos os presos de Florianópolis que cumprissem a pena no semiaberto e estivessem para atingir o prazo de progressão. Também foi interposto e negado pelo STJ um habeas corpus coletivo para favorecer os mesmos grupos.